• Secretaria de Política Nacional dos Transportes
• Secretaria de Gestão dos Programas de Transportes
• Secretaria para Fomento de Ações de Transportes

Entidades Vinculadas

• Agência Nacional de Transportes Aquaviários
• Agência Nacional de Transportes Terrestres
• Departamento Nacional de Infra-Estrutura de Transportes

Sociedades de Economia Mista

• Companhia Docas do Rio de Janeiro
• Companhia Docas do Pará
• Porto de Santos
• Porto de Vitória
• Companhia das Docas do Estado da Bahia