• Secretaria de Qualidade Ambiental nos Assentamentos Humanos
• Secretaria de Biodiversidade e Floresta
• Secretaria de Recursos Hídricos
• Secretaria de Políticas para o Desenvolvimento Sustentável
• Secretaria de Coordenação da Amazônia

Entidades Vinculadas

• IBAMA (Instituto Brasileiro do Meio-Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis)
• ANA (Agência Nacional das Águas)
• JBRJ (Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro)