• Secretaria de Educação Infantil e Fundamental
• Secretaria de Educação Média e Tecnológica
• Secretaria de Educação Superior
• Secretaria de Educação Especial
• Secretaria de Educação à Distância

Outros Órgãos

• Conselho Nacional de Educação
• Instituto Benjamin Constant
• Instituto Nacional de Educação de Surdos
• Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais
• Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação
• Fundação Joaquim Nabuco
• Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
• Representação do MEC nos Estados

Escolas e Universidades

• Universidades Federais
• Instituições Isoladas de Ensino Superior
• Escolas Técnicas Federais
• Escolas Agrotécnicas Federais
• Centros Federais de Educação Tecnológica
• Colégio Pedro II