• Secretaria Executiva
• Secretaria de Atenção à Saúde
• Secretaria de Ciência, Tecnologia e Insumos Estratégicos
• Secretaria de Gestão Participativa
• Secretaria de Vigilância em Saúde
• Secretaria de Gestão do Trabalho e da Educação na Saúde

Fundações Públicas

• Fundação Nacional da Saúde
• Fundação Oswaldo Cruz

Outras Instituições Ligadas ao Ministério

• Fundo Nacional de Saúde
• Instituto Nacional do Câncer
• Coordenação Nacional de DST/Aids
• Agência Nacional de Vigilância Sanitária
• Agência Nacional de Saúde Suplementar