Se a dívida for paga e a situação regularizada, este protesto fica no CPF como ocorrência liquidada ou nada consta?
Deverá aparecer como nada consta. Caso apareça qualquer outro termo, a pessoa deverá entrar com uma ação judicial visando: limpar seu cadastro e indenização por danos morais.

O banco pode negativar duas vezes o nome da pessoa? E sendo a mesma dívida?
Em princípio, o banco não pode negativar o nome de uma pessoa mais de uma vez, em razão de uma só dívida. Isso somente poderia acontecer se fossem dívidas diferentes. Entretanto, existem alguns casos em que o devedor faz um acordo de pagamento parcelado com o banco e, após o pagamento da primeira parcela, o banco retira o nome do cliente dos órgãos de proteção ao crédito (Serasa e SPC). Se, alguns meses depois, o cliente deixa de pagar as parcelas, é feita a reinscrição dele em razão daquela dívida. A reinscrição é correta, pois a dívida ainda não foi quitada.